A Venerável Irmandade de Nossa Senhora da Lapa foi fundada pelo Rev. Ângelo de Sequeira, presbítero brasileiro, natural de S. Paulo. A sua devoção aliada à arte de bem falar muito contribuiu para difundir o culto à Senhora da Lapa por todo o norte do país. Desde o início que o Missionário alimentou a ideia de construir no Porto uma Capela dedicada a Nossa Senhora da Lapa.

Em março de 1755 foi inaugurada a Capela de Nossa Senhora da Lapa das Confissões, que se transformou num lugar de peregrinação e afluência de público, pelo que rapidamente se tornou pequena. Foi assim decidido construir um Templo Grandioso, tendo sido lançada a primeira pedra da Igreja da Lapa a 17 de julho de 1757, cuja construção de prolongou por mais de um século.

O projeto inicial foi concebido por João Glama Ströberle, tendo, contudo, sido substituído por José de Figueiredo Seixas, que acompanhou os trabalhos até à data da sua morte, em 1773.

A 5 de maio de 1799, com a conclusão do corpo da Igreja, celebrou-se o rito da dedicação, data a partir da qual a Irmandade da Lapa passou a celebrar a festa da sua Padroeira no primeiro domingo de maio.

A Igreja da Lapa alberga um património religioso e cultural de valor inestimável. Ali podemos contemplar, entre outros, pinturas de artistas tais como Manuel Moreira da Silva e Joaquim Rafael, o presépio da escola de Machado de Castro, a relíquia de Santa Vitória, os vitrais da autoria de Ricardo Leone, de Lisboa, que estavam instalados na parede de fundo, desde 1931, foram restaurados em 1995, em Milão, pela firma Lindo e A. Grassi, precisamente para se enquadrar no Grandioso órgão de Tubos e o mausoléu que guarda, desde 1837, o coração de D. Pedro IV, projetado por Joaquim da Costa Lima Júnior.

Em tempos mais recentes, o arquiteto Marques da Silva concebeu a Casa da Irmandade e a Galeria dos Retratos, anexas à igreja, que acolheram também a Escola da lapa, que teve a sua origem no colégio-seminário, fundado em 1792.

A entrada na igreja é livre, desde que sejam respeitadas as celebrações e os atos litúrgicos em curso.